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Make.conf が Portage の基本的な設定ファイルで、多くの変数を定義します。よく知られているものでは例えば、 CFLAGS,CHOST,CXXFLAGS,USE, INPUT_DEVICES, VIDEO_CARDS,LINGUAS,GENTOO_MIRRORS があります。また、 PORTDIR_OVERLAY のように任意で追加可能な変数も多くあります。この Linux ディストリビューションでは、システムの向上やLinux の学習のために、ソースコードをユーザーが手元で、指定した設定に基づきコンパイルします。