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Los marcadores USE flags definen que tipo de funciones serán habilitadas cuando el paquete se construya. No se recomienda añadir muchos marcadores durante la instalación, usted debería operar con Funtoo Profiles tanto como pueda y solo configurar marcadores extra cuando sean necesarios. Un marcador USE flag precedido con el signo menos (" - "), le indica a portage que no debe usar el marcador durante la compilación. Gracias a los marcadores, es posible reducir el tamaño y complejidad de los archivos binarios, reducir vulnerabilidades y lograr un mejor rendimiento. Una guía para usar marcadores en Funtoo Linux estará disponible en el futuro. Por ahora, usted puede encontrar más información sobre este tema en Gentoo Handbook.